Pojęcie konfiguracji systemu oznacza przede wszystkim zestaw ustalonych parametrów pracy. Ponadto może obejmować szereg poleceń systemowych wykonywanych automatycznie podczas rozpoczęcia pracy, co wprowadza użytkownika w dogodną dla niego sytuację. Użytkownik ma do dyspozycji dwa pliki odpowiedzialne za sposób rozpoczęcia pracy w systemie: CONFIG.SYS oraz AUTOEXEC.BAT. Warto wiedzieć, jakie parametry one regulują, choć przy braku wprawy lepiej przy nich nie manipulować. Wymienione trzy pliki to jedyne konieczne elementy systemu DOS, które muszą znajdować się na dysku. Zawierają one (COMMAND.COM) zestaw podstawowych poleceń systemu tzw. polecenia wewnętrzne przechowywane podczas pracy w pamięci komputera. Prócz tego system składa się z wielu innych plików. Można je jednak usunąć z dysku bez szkody dla zwykłej pracy. Nie można wówczas skorzystać z poleceń zapisanych w tych plikach, ale wszystkie nakładki i aplikacje mogą być używane. Można zauważyć, że istnieją dwa poziomy wpływu użytkownika na początkową postać systemu operacyjnego. Są to tak zwane pliki konfiguracyjne. Oba są opcjonalne, a pominięcie ich powoduje przyjęcie przez DOS wielkości standardowych.
