Sterowanie ułożeniem okien dokonywane jest z poziomu menu o nazwie Okno (Window). Jest ono dostępne nie tylko na poziomie systemu, lecz wchodzi w skład poszczególnych aplikacji. Może obejmować kilka pozycji, ale zawsze dostępne są opcje Kaskadowo (Cascade) oraz Sąsiadująco (Tile), dotyczące ułożenia okien kaskadowo lub sąsiadująco. Ponadto na poziomie systemu występuje opcja Uporządkuj ikony (Arrange icons), porządkująca obrazy ikon w ramach aktywnego okna grupy. Druga część menu obejmuje listę otwartych okien, do których można się przełączyć w ramach danej aplikacji. Dotyczy to sytuacji, gdy w ramach danego programu uruchomionych zostaje kilka działań. Wspólne elementy w menu różnych aplikacji Każda aplikacja, czy to z Windows, czy to spoza systemu zawiera szereg elementów wspólnych. W górnej linii menu poziomego jest kilka pozycji w tym cztery powtarzające się. Jedna z nich to omówione wyżej menu Windows, dotyczące ustawienia okien na ekranie. Ponadto w każdym menu jest pozycja Pomoc (Help), pozwalająca otrzymać wyczerpujące informacje o korzystaniu z funkcji danego programu.
Menu plików (Plik – File) zawiera w każdej aplikacji kilka typowych opcji związanych z przetwarzaniem plików.
