System DOS i programy użytkowe odróżniają poszczególne rozszerzenia. DOS identyfikuje programy jako pliki o rozszerzeniach COM i EXE, oraz zbiory poleceń zapisane w plikach o rozszerzeniu BAT. Większość programów użytkowych ma swoje rozszerzenia związane z plikami roboczymi (np. zestawy czcionek to często pliki o rozszerzeniu FNT) oraz z plikami tworzonymi przez użytkownika (np. rozszerzenie DBF dla baz danych w systemie dBase). W systemie operacyjnym DOS stosowana jest struktura drzewiasta katalogów i podkatalogów. Można definiować katalogi podrzędne w stosunku do każdego katalogu, co pozwala użytkownikowi układać swoje pliki w określoną strukturę w zależności od ich przeznaczenia. W systemie obejmujących kilka dysków i katalogów pełna nazwa pliku obejmuje wówczas tzw. ścieżkę, czyli drogę do danego pliku wzdłuż drzewa katalogów. Podanie ścieżki jest konieczne, jeśli chcemy uzyskać dostęp do pliku spoza katalogu bieżącego, czyli tego, w którym aktualnie odbywa się praca.
