Jest to drugi z kolei plik, który może zostać przygotowany przez użytkownika. Plik ten zawiera polecenia systemu DOS, które zostają automatycznie wykonane przed zgłoszeniem gotowości systemu do pracy. W przeciwieństwie do spraw konfiguracyjnych nie ma żadnych przeszkód, aby wszystkie polecenia umieszczane w pliku AUTOEXEC.BAT były wykonywane bezpośrednio z klawiatury. Przeznaczeniem tego pliku jest jedynie ułatwienie pracy użytkownika przez zautomatyzowanie czynności powtarzanych przy każdym uruchomieniu systemu. Jeżeli stwierdzimy, że po każdym włączeniu komputera trzeba wykonać z klawiatury szereg identycznych czynności, jest to sygnał, że te właśnie czynności powinny zostać umieszczone w pliku wsadowym AUTOEXEC.BAT, aby po rozpoczęciu pracy zostały wykonane automatycznie. Istnieje kilka poleceń, które niemal standardowo umieszcza się w pliku AUTOEXEC.BAT. Dotyczy to przede wszystkim ustalenia ścieżek poszukiwania poleceń (omówione dalej polecenie PATH). Często też w pliku tym umieszcza się polecenie uruchomienia nakładki Norton Commander lub Windows.
